Нюанс! Если в периоде, когда сельхозпредприятие является плательщиком НДС, поступит только часть предоплаты, а вторая часть – уже после аннулирования НДС-регистрации, то НН на дату второй оплаты выписывать не нужно. Тогда НДС будет облагаться только часть стоимости товара/услуги. А цена товара/услуги, которая приходится на вторую часть оплаты, должна быть сформирована без НДС (но с контрагентом нужно заключить дополнительное соглашение об изменении цены).