Сделайте все правильно: при составлении протокола разногласий рядом с подписью обязательно поставьте на обоих экземплярах договора пометку «Подписано с протоколом разногласий». Если этого не сделать, то протокол разногласий не примут во внимание и будет считаться, что договор подписан на условиях, которые были предложены в проекте.